pymol

pymol是一款三维分子模型软件，具有清单的功能和直观的操作界面。pymol官方版采用可视化的操作方式，拥有人性化的输出方式，喜欢的朋友就在牛下载软件园下载使用吧！

软件介绍

pymol是一款三维分子模型软件，能够用户提供全面的分子可视化系统，具有可定制的颜色，结构标签，可调对象透明度，输出和控制大小，自动缩放等功能，pymol官方版具有清单的功能和直观的操作界面，内置了强大的绘画工具，可以方便设计用户快速完成对分子动画创建，拥有人性化的输出方式，支持多种图像格式，喜欢的朋友就在牛下载软件园下载使用吧！

pymol功能介绍

1、属性编辑器

2、支持触控板手势(捏放大/缩小，z旋转)

3、通过从文件浏览器拖动到PyMOL窗口来打开文件

4、MPEG-4和GIF电影导出面板

5、组合线/非粘合线和棒/ nb_spheres的导线和甘草制图表达别名

6、用于打开MAE文件，MTZ文件，地图和轨迹文件的专用对话框

7、借助此分子可视化系统，可以以3D模式对蛋白质，其密度，轨迹和表面进行细微分析

8、原生视网膜分辨率/ 4k显示支持

9、停靠/取消停靠并重新排列某些面板(生成器，反馈浏览器，音量编辑器)

10、ymolrc脚本编辑器，突出显示语法

11、新的APBS插件面板

12、Excel导出器插件(Windows和Mac)

pymol软件特色

1、提供了强大实用的绘图工具

2、生成的PyMOL结构可以导出到VRML

3、具有可定制的颜色，结构标签，可调对象透明度，输出和控制大小，自动缩放，文本覆盖和可定制的鼠标控件

4、PyMOL支持多种图像格式，包括PDB、SDF

5、PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据

pymol安装教程

1、在牛下载软件园将安装包下载以后，双击"PyMOL-2.3.2_0-Windows-x86_64.exe"进入到软件安装向导

2、点击next出现协议，选择i agree

3、选择安装选项

4、选择软件安装目录，默认为"C:ProgramDataPyMOL"

5、然后一直next安装就可以了

pymol使用教程

1、文件的打开有两种方式:一种是将pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一种是从菜单栏File/Open打开文件。打开方式与大多数软件相似，打开后的结果如下图。

2、更改模型的显示方式。点击all图层上的H(Hide)标签，隐藏所有的显示方式对应的模型;点击all图层上的S(Show)标签，选择所需的模型显示方式(这里选择cartoon);点击all图层上的C(Color)标签，更改模型着色方式，这里选spectrum，颜色选rainbow。下图是更改显示方式后的效果。

3、鼠标对模型的操作。常用的鼠标操作方式如下表，选择合适的显示视角即可。

表1常用的鼠标操作方式

4、图片的渲染与导出。只需要在命令行输入"ray 900,900"，随后按回车键即可进行光影着色。这里的数字900是图片的长和宽的像素数，根据需求自由设置。渲染完成后的效果如下(注意:此时点击渲染好的图片又会返回模型编辑模式)。

5、最后，选择file/Save Image As/PNG...即可导出图片到指定位置。最终导出的模型的效果结果如下。

pymol官网更新日志

1、优化细节问题；

2、修复若干bug；